Doktor Amelia Kostkowska w 1959 r. stanęła ona przed sądem oskarżona o branie łapówek. Sprawa była głośna w całej Polsce. Pisały o niej gazety.
Najczarniejszym dniem w karierze Amelii Kostkowskiej miał się okazać 3 września 1958 r. za sprawą Adolfiny M., która przyszła do Poradni Onkologicznej. Kostkowska po pobieżnym badaniu zdiagnozowała nowotwór. Tłumaczyła przerażonej pacjentce, że leczenie trzeba rozpoczynać natychmiast. Nie czekając na wyniki badań histopatologicznych założyła Adolfinie M. korki radowe. Następnego dnia w szpitalu zjawiła się córka pacjentki i zarzuciła lekarce zaniechanie podstawowych badań i zbyt pochopne rozpoznanie. Lekarka nie przyjmowała zarzutów. Córka Adolfiny M. o zajściu poinformowała dyrekcję szpitala.
Rozpoczęło się szpitalne dochodzenie. W jego trakcie zaczął wyłaniać się inny wizerunek dr Kostkowskiej. Prowadzona przez nią dokumentacja innych pacjentek była niekompletna, a decyzje podejmowane budzić zaczęły podejrzenia o nierzetelność w wykonywaniu zawodu. Tymczasem rodzina Adolfiny M. w październiku 1958 r. do redakcji Gazety Białostockiej wysłała list opisujący praktyki Kostkowskiej. Redakcja przekazała go prokuraturze. 24 października lekarka została aresztowana. W Życiu Białostockim pisano, że „przeciwko dr Kostkowskiej toczy się śledztwo w sprawie stawiania fałszywych diagnoz i błędnego leczenia. Dr Kostkowska dopuściła się szeregu uchybień zawodowych, wykraczających poza normy etyki lekarskiej”.
9 listopada 1959 r. przed Sądem Wojewódzkim rozpoczął się proces. Stał się sensacją. Sprawozdawca sądowy Gazety Białostockiej pisał o tłumach zainteresowanych, którzy chcieli dostać się na salę rozpraw. Liczba kart wstępu była jednak ograniczona. Zauważał też, że na sali sądowej znajdowali się przedstawiciele prasy z całego kraju, ale oprócz dziennikarzy „na sali widzieliśmy przedstawicieli świata lekarskiego, prawniczego i naukowego”. O samej oskarżonej pisał, że gdy sąd odczytywał akt oskarżenia zawierający 33 zarzuty dotyczące błędów lekarskich, łapownictwa i malwersacji finansowych, to Kostkowska „siedziała z opuszczoną głową”. Ale gdy już w pierwszym dniu procesu zaczęła składać wyjaśnienia, to „przyjęła postawę bardzo aktywną, odparowując wysunięte przeciwko niej zarzuty”. W drugim dniu procesu przed rozpoczęciem rozprawy interweniować musiała milicja „odprowadzając grupę osób oblegających drzwi sali rozpraw”.
Tego dnia zaczęli składać wyjaśnienia biegli. W związku z ich zeznaniami sąd zadawał pytania Kostkowskiej. Sprawozdawca pisał, że oskarżona „czuje się na rozprawie dość pewnie i tylko chwilami zdradza zdenerwowanie”. Trzeciego dnia procesu Kostkowska zaczęła tracić pewność siebie. Widać było, że jest zmęczona ponad 30 godzinnym składaniem wyjaśnień, ale też w świetle tego co mówili biegli musiała rewidować swoje zeznania. Wreszcie w ciszy sali sądowej padły jej słowa - „postępowałam zbyt pochopnie, zbyt wierzyłam sobie. Uważałam, że tak mi wolno robić. Pochopnym postępowaniem zaniedbywałam czynności, do których byłam zobowiązana”.
Przesłuchiwanie pacjentek ze względu na osobisty i intymny charakter zeznań odbyła się za zamkniętymi drzwiami. Następnego dnia proces rozpoczął się z godzinnym opóźnieniem. Stało się to z powodu przybycia ekipy Polskiej Kroniki Filmowej. Kostkowska, poinformowana o tym, odmówiła wyjścia na salę rozpraw. Dopiero po naleganiach jej obrońców zgodziła się zasiąść na ławie oskarżonych. Po zakończeniu wyjaśnień biegłych, które dotyczyły aspektów medycznych sąd zajął się sprawą korupcji. Lekarką oskarżono, że „pracując w Poradni Onkologicznej i przeprowadzając leczenie raka skóry, żądała od swoich pacjentów honorariów”. Zeznawało 27 świadków. Jedna z kobiet opowiadała, że „za pierwszą kurację radową przeprowadzoną w Poradni Onkologicznej, zapłaciła lekarce 400 zł. Ponieważ podczas pierwszej rozmowy z Kostkowską nie miała takiej sumy, oskarżona powiedziała jej, że jak nie ma pieniędzy, to nie będzie leczenia”. Publiczność wysłuchała też wstrząsającej historii męża pacjentki, który aby sprostać wymaganiom finansowym lekarki sprzedał cały i tak niewielki dobytek, żeby ratować żonę, której stan w chwili rozpoczęcia leczenia i tak był beznadziejny.
Kolejny zarzut to malwersacje finansowe przy tzw. badaniach masowych. Te w większości były fikcją. Kostkowska rozpisywała sumy, które rzekomo wydatkowała na ich realizację, po czym część z tych pieniędzy przywłaszczała sobie. W następnych dniach procesu sąd zajął się stosunkami służbowymi w białostockich placówkach służby zdrowia. Tu kluczowe zeznania składali znani i w późniejszych latach lekarze: profesorowie Stefan Soszka, Ludwik Komczyński i Maria Byrdy. Ich zeznania obciążyły Kostkowską. Po ich wysłuchaniu oskarżona poprosiła sąd o możliwość złożenia dodatkowych wyjaśnień. Jako że dotyczyły jej osobistych spraw sąd utajnił tę część rozprawy. Ale i tak większość zainteresowanych procesem domyślała się, że Kostkowska relacjonowała wyimaginowany przez siebie obraz spisku zawiązanego przez całe środowisko przeciwko niej. Uważała, że miejscowa profesura czuje się przez nią zagrożona i zeznając przeciwko niej mści się.
Proces każdego dnia miał swoją dramaturgię. Gazety zamieszczały szczegółowe relacje. Nic więc dziwnego, że poziom emocji na sali rozpraw był wysoki. W jedenastym dniu procesu dr Kostkowska nie wytrzymała presji. Była bliska załamania nerwowego. Płacząc odpowiadała na pytania sądu - „Ja nie mogę… nie mam siły. Proszę mnie już nie męczyć… Proszę mnie skazać”. Proces dobiegał końca. 25 listopada 1959 roku swoje mowy końcowe wygłosili prokuratorzy. Lech Lebenstein pytał retorycznie - „kto potrafi obliczyć szkody wyrządzone przez oskarżoną?”, i kontynuując stwierdzał, że Kostkowska „zdyskwalifikowała się jako lekarz, człowiek i obywatel”. Drugi z oskarżycieli Tadeusz Sabat na zakończenie swojej mowy wniósł o wymierzenie kary 13 lat więzienia, pozbawienia praw publicznych, zakaz wykonywania zawodu na okres 10 lat, zapłacenie grzywny w wysokości 100 tys. zł i przepadek samochodu, który oskarżona kupiła za przywłaszczone pieniądze. Z kolei obrońcy - Tadeusz de Virion, Janusz Kołakowski i Zdzisław Węgliński wnosili o uniewinnienie oskarżonej. Oba stanowiska spowodowały obustronne gwałtowne repliki. Rozprawa zakończyła się kwadrans przed północą.
26 listopada ostatnie słowo wygłosiła oskarżona. Sprawozdawca sądowy zanotował, że „nerwowo ściskając chusteczkę w ręku Amelia Kostkowska wstaje i głosem przerywanym przez szloch mówi: - Chciałam powiedzieć, że przez cały okres swej pracy jako lekarz chciałam ludzi leczyć, nigdy nie chciałam ich kaleczyć. Działałam w myśl swej najlepszej woli, wiedzy i sumienia. To wszystko co mam do powiedzenia”.
30 listopada o godzinie 13 sąd ogłosił wyrok - 9 lat więzienia, 5 lat zakazu wykonywania zawodu i 100 tys. zł grzywny. Dr Amelia Kostkowska wyrok przyjęła ze spokojem. Jeden z jej obrońców już po zakończeniu rozprawy, dziennikarzom, którzy pytali czy zostanie wniesiona rewizja, powiedział - „przypuszczam raczej, iż rewizja zostanie wniesiona, tym bardziej iż życzy sobie tego sama oskarżona”. Zgodnie z tą zapowiedzią 30 września 1960 r. przed Sądem Najwyższym odbyła się rozprawa rewizyjna. Tym razem wyrok był już ostateczny. 8 lat więzienia, 10 lat zakazu praktyki lekarskiej, 50 tys. zł grzywny i utrata praw obywatelskich. Sprawa dr Amelii Kostkowskiej weszła do klasyki polskiego pitavalu. Wanda Falkowska opisując ten proces zauważyła, że nie ujawnił on w sposób wyraźny pobudek oskarżonej. Wymienił je jednak prokurator Lech Lebenstein. W swojej mowie oskarżycielskiej jasno stwierdził, że oskarżona działała dla „chęci zysku i sławy”.