Stalinowskie czystki dokonały ogromnych spustoszeń w nauce sowieckiej lat 30. i 40. Na fali terroru pojawiło się zjawisko zwane „łysenkowszczyzną”.
Niemal każda dyscyplina naukowa miała swojego Łysenkę - miernotę, która robiła karierę dzięki właściwej postawie ideologicznej, donosicielstwu, wykazywaniu czujności, demaskowaniu jako wrogów ludu i agentów imperializmu uczonych z prawdziwym dorobkiem.
Zjawisko to występowało najsilniej w naukach przyrodniczych i społecznych. Terror oraz ideologiczne czystki lat 40. stosunkowo najmniej dotknęły fizyków i matematyków, choć w tych dyscyplinach również zwalczano wrogie burżuazyjne teorie, m.in. mechanikę kwantową. Sowieccy ideolodzy chcieli stworzyć prawdziwie proletariacką fizykę, podobnie jak w III Rzeszy Hitler marzył o aryjskiej matematyce. Sowiecką fizykę uratował program atomowy.
W tej specjalności trudno było o fałszerstwa. Ta dziedzina wiedzy została wciągnięta do realizacji sowieckiego programu atomowego. Pierwsze prace pod kierownictwem prof. Igora Kurczatowa rozpoczęto już w 1940 r., gdy wywiad poinformował o podobnych pracach w krajach zachodnich. Dwa lata później wywiad dostarczył dokładne dane o pracach amerykańskich fizyków i jednocześnie o niemieckich próbach zbudowania bomby atomowej, Stalin zaczął się niecierpliwić. Zafascynowany bombą atomową, stał się bardziej pobłażliwy dla fizyków.
Od początku powstania amerykańskiego ośrodka atomowego Los Alamos Rosjanie wiedzieli o każdym etapie prac nad amerykańską bombą atomową.
Informacji dostarczali głęboko zakonspirowani agenci (Fuchs, a być może sam szef naukowego programu budowy bomby - Oppenheimer).
Już po wybuchu pierwszej bomby atomowej nad Hiroszimą prace ruszyły pełną parę. Powołano Komisję Specjalną ds. Bomby Atomowej. Za realizację tego programu osobiście był odpowiedzialny Ławrentij Beria, który musiał się liczyć ze sprawującymi kierownictwo naukowe prof. Kurczatowem i Kapicą.
Represje w środowisku fizyków mogły spowodować zakłócenia i opóźnienia badań, a Stalin naglił. Program był supertajny, zaś eliminacja któregoś z uczonych stwarzałaby konieczność wtajemniczenia i wciągania do pracy nowych ludzi. Tego chciano uniknąć.
Dzięki temu, że wywiad radziecki zdobył tajemnicę amerykańskiej bomby atomowej, można było uniknąć wielu błędów i przyspieszyć własne prace. 25 grudnia 1946 r. został uruchomiony w ZSRR pierwszy reaktor atomowy, a trzy lata później - 26 listopada 1949 r. nastąpiła pierwsza w tym kraju eksplozja nuklearna.
Stalin poczuł się już bardzo pewnie i zdecydował na konfrontację zbrojną, czego efektem była wojna koreańska. Beria sprawował nadzór nad programem atomowym aż do swego aresztowania w czerwcu 1953 r.